RNAは遺伝情報の仲介だけでなく、様々な細胞内の調節機能に関与していることが明らかになってきている。それら機能メカニズムを考える上で、RNAの三次構造がどのように形成、変化するのか理解する必要がある。例えば、リボザイムは特定のコンパクトな構造に折りたたむことが触媒活性に必須であり、メッセンジャーRNAや長鎖ノンコーディングRNAなども特定の部分構造が翻訳調節や分子認識に寄与する。我々は粗視化分子シミュレーションを用いて、RNA分子が溶液環境に応答して折りたたむ物理化学的機構を研究してきた。RNAの折りたたみは主に塩基対や塩基スタックの形成により駆動されるが、分子全体が負に帯電していることからMgなど二価イオンの影響も大きい。本セミナーでは、我々が開発してきた分子シミュレーションモデルを紹介するとともに、特にイオンとの相互作用に着目してRNAのフォールディングとミスフォールディングを調べた結果について議論する。

References

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