左側（青色）にあるのが「分子科学研究所」のマークで、右側CIMoS（サイモス）は協奏分子システム研究センターの英語名「Research Center of Integrative Molecular Systems」の略称です。同音のcymose（サイモス）が指す「集散花（序）」とは、「主軸の先端に花がつき、その下から出る２本の側枝に次の花がつく」というパターンの繰り返しからなる花で、その一部分を拡大視すると、そこには全体と同じような姿形が見出されます。「部分」と「全体」の自己相似性（フラクタル）は、分子の特性が階層構造を超越し、分子システムとしての卓越した機能発現へとつながっていく様子をイメージさせます。また、cymo-（サイモ）は「波」を指す接頭語で，当センターの目指す学問領域が新たな波となって伝搬していくことを期待しています。