分子科学研究所には、国立大学法人 総合研究大学院大学（以下 総研大）が置かれており、大学院教育を行っています。分子科学研究所の全教授、全准教授、全助教は、総研大の教員を担当し、全研究所を挙げて大学院教育を実施しています。分子科学研究所が所有する日本有数の研究設備を用いて研究・教育を進めています。分子科学コースの講義は、分子科学研究所（明大寺キャンパス・山手キャンパス）内の講義室で行われます。
 明大寺キャンパス |
 山手キャンパス |
分子科学研究所には、化学・物理・生物のバックグラウンドを持つ教員が集っており、第一線で研究活動を行っています。教員は、日本全国の主要大学出身者で構成されています。分子をとりあつかうための幅広い知識を身につけられるように、化学･物理･生物にまたがる幅広い講義が用意されており、基礎から応用まで学ぶことのできるカリキュラムが組まれています。
>>分子科学研究所 大学院研究室一覧
他大学学部卒業者、および他大学大学院博士前期課程（修士課程）修了者の入学を受け入れています。それぞれ、入学試験を実施しています。
総研大は、全国の基盤機関（国立研究所等）(＊)で大学院教育を実施するために設立された大学院大学です（1988年設立）。分子科学コースの大学院生は、愛知県岡崎市の分子科学研究所で大学院生活を送ります。総研大の本部がある葉山キャンパスでは、主に入学式や学位授与式などの行事が行われます。
(＊)全国にある基盤機関
国立民族学博物館、国際日本文化研究センター、国立歴史民族博物館、放送大学教育支援センター、国文学研究資料館、分子科学研究所、国立天文台、核融合科学研究所、宇宙科学研究所、高エネルギー加速器研究機構、統計数理研究所、国立極地研究所、国立情報学研究所、国立遺伝学研究所、基礎生物学研究所、生理学研究所
分子科学研究所では教授と准教授が独立して研究室を主宰しています。入学者は、大学院入試時に希望配属研究室を提出します。希望を最優先して、入学後すぐに研究室配属がおこなわれます。但し、博士課程（博士後期課程）受験希望者は、受験前に受け入れ希望研究室の教授または准教授に、受け入れが可能かどうかを事前相談する必要があります。
分子科学研究所に置かれている分子科学コースでは、５年一貫制をとっています。大学ではまれなこの制度の概略は以下の図の通りです。
１年次入学者（博士前期課程相当）は、２年次途中に博士課程（博士後期課程）への進み方を選択します。
１）修士審査を受けずに博士課程（博士後期課程）へ進む
修士論文提出はなく、2年次終了直前に中間発表を行います。
課程修了者は、博士（理学）または博士（学術）を取得します。
２）修士資格審査を２年次終了直前に受けた後、博士課程（博士後期課程）へ進む
修士資格審査において修士同等論文を提出し、審査会で研究発表を行います。
課程修了者は、博士（理学）または博士（学術）を取得します。
３年次以降に中途退学する場合は退学時に修士（理学）または修士（学術）が得られます。
３）博士課程（博士後期課程）には進まず、修士論文を提出し、修士号を取得
2年次終了時に就職する場合等。修士（理学）または修士（学術）が得られます。
博士課程（博士後期課程）は認められれば早期修了することが可能です。
現役・OB/OG 総研大生のコラムをご覧頂けます。
