明大寺キャンパス：
名鉄名古屋本線「東岡崎」駅 中央改札口を出て南口より徒歩約７分。
※駅構内にエレベーターがありますが、東口に出ますのでご注意ください。
山手キャンパス：
名鉄名古屋本線「東岡崎」駅 徒歩約20分
名鉄バス「竜美循環バス」（東岡崎駅南口より発車）で竜美西バス停下車（所用時間5分）。バス停より徒歩3分
２つのキャンパスは、名鉄「東岡崎」駅の南側徒歩圏内に位置しています。２つのキャンパス間は徒歩15分程度の距離にあり、徒歩で行き来できます。
また、キャンパス間で連絡バスが運行されています。
キャンパスマップは、こちら をご覧ください。
分子科学研究所がある岡崎市は、愛知県の中核都市のひとつであり、主要銀行の支店等の金融機関がそろっています。最寄り駅の名鉄東岡崎駅は、名鉄本線のすべての列車が停車し、岡崎に通勤・通学する人、また名古屋へ通勤・通学する人が行き交います。名鉄「東岡崎」駅の北側には飲食店が立ち並んでおり、駅の北側を流れる乙川は桜と花火の名所として知られています。乙川の北岸には、岡崎城や岡崎市役所があります。
また、岡崎にはシネコンやスポーツ施設などがある複合大型ショッピングモールなどの商業施設もあり、近隣地域から多くの買い物客が集まります。
分子科学研究所の周辺 航空写真（2011年撮影）
東岡崎駅の南側に広がる閑静な住宅地にあります。分子科学研究所の隣には、岡崎統合事務センター、生理学研究所と基礎生物学研究所の建物が建ち並んでいます。
キャンパスマップは、こちら をご覧ください。
山手キャンパスも東岡崎駅の南側に広がる住宅地の中にあります。高校、中学校、小学校も付近にあります。 岡崎３研究所（分子科学研究所、基礎生物学研究所、生理学研究所）が合同で同じ建物に入っています。
キャンパスマップは、こちら をご覧ください。
