大学共同利用機関は、世界に誇る我が国独自の「研究者コミュニティによって運営される研究機関」であり、全国の研究者に共同利用・共同研究の場を提供する中核拠点として組織されたものです。全国の最先端の研究者が一堂に会し、未来の学問分野を切り拓くと共に新しい理念の創出を目指した活動を行う拠点として、個別の大学では実施困難な機能と場を提供するのがその特色です。また、大規模な施設や設備、さらに、膨大な学術資料やデータなどの知的基盤を全国の研究者の利用に供し、効果的な共同研究を実施することで、我が国の学術研究の発展に重要な貢献をしています。また、海外の研究機関や研究者との協力・交流を推進し、国際的中核拠点としての役割をも果たしています。
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分子科学研究所は、同様に文部科学省の大学共同利用機関であった4研究所(国立天文台、核融合科学研究所、基礎生物学研究所、生理学研究所)とともに、2004年に発足した大学共同利用機関法人の1つである自然科学研究機構に所属しています。
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